Os primeiros habitantes da região provavelmente se estabeleceram em Cupira por volta de 1881. Entre eles, os Srs. José de Melo, Manoel Gomes da Silva, Antônio Soares da Silva e Aleluia de Tal.
Aleluia de Tal propôs a construção de uma capela, que foi edificada às margem de uma lagoa onde havia uma baraúna habitada por abelhas da espécie conhecida por cupira. O local, na época parte do município de Panelas, passou então a ser chamado Cupira, em alusão aos insetos. À medida que a povoação crescia, mais estradas eram abertas. Eventualmente, a região tornou-se povoado e, em 1896, fez-se a primeira feira-livre da povoação.
Em 1900, a povoação tornou-se distrito do município de Panelas, com o nome de Taboleiro. Em 1914, o Distrito foi renomeado para Cupira. Em 1953, Cupira desmembrou-se de Panelas, tornando-se município, sendo instalado em 1954. Já em 1955, a região de Laje de São José foi desmembrada do Distrito-sede, tornando-se distrito próprio. Até hoje, o município é composto pelo Distrito-sede de Cupira e pelo Distrito de Laje de São José.
O topônimo Cupira provém do Tupi kupi'ira e significa "abelha do cupim". É o nome de uma abelha que faz sua colmeia nos cupinzeiros.
